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丹娜—法伯癌症研究所科学家获陈-扎克伯格基金会开源软件项目资金

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  • 2019年11月15日——美国马萨诸塞州波士顿讯

    丹娜—法伯癌症研究所数据科学部生物统计学和计算生物学副教授Heng Li博士(Heng Li, PhD)获陈-扎克伯格基金会(Chan Zuckerberg Initiative, CZI)开源软件项目资金,这对生物医学研究至关重要。陈-扎克伯格基金会设有重要开源软件科学项目,为逾40项关键开源工具拨款500万美元,以推动软件维护、增进、开发和社区参与的进步。

    Li博士负责名为持续改善关键高通量生物排序对准器(Continuous Improvement to Essential High-Throughput Bio-Sequence Aligners)的项目,它将维护块排序压缩对准器(Burrows-Wheeler Aligner),后者是针对大型参考基因组(如:人类基因组)绘制DNA排序数据的软件包。BWA专门针对低发散排序(low-divergent sequences)——来自一个物种中的基因且与参考基因组紧密相关,以快速分析变量。该工具帮助研究人员识别出可能与癌症及其它病症相关的基因突变。陈-扎克伯格基金会奖项有助于改进快排序压缩对准器的性能和稳健性及其下一代主要版本BWA-MEM2的搭建。

    开源软件对现代科研尤为重要,因其在推动生物和医药进步的同时提供了再现性和透明性。然而,即便是最广泛应用的科研软件亦往往缺少专项资金补助。

    “开源软件推动了科学家们每日的工作,无论是针对一个疾病基因寻找一个基因组排序、追踪一种疾病的发作,抑或是在一个显微镜图像中对细胞计数,” 陈-扎克伯格基金会科学带头人Cori Bargmann说道, “只有工具好,科学家才能发挥他们最佳的工作水平。因此,我们很高兴能够以开源项目为切入点,全方位地使科研社群受益,并帮助每一位科学家成为更好的科研工作者。”

    32项入选的提案共有42个开源项目,包括用于可视化、分析和管理数据的工具,以供科学家们在基因组学、结构生物学、细胞生物学及神经科学等领域展开研究。点击此处查看全部获奖人员名单

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